游戏采用与《最终幻想战略版》相同的世界观与种族设定。故事的男主角的Vaan是Hume族的开朗少年，为了追求可让自己从被束缚的民族与国家的自由而希望成为一名空贼，并在天空中自由飞行来回各地。而游戏女主角Ashe则是Dalmaska王国的公主，为了收复被帝国占领的王国领地，Ashe带领解放军与帝国展开激烈的对抗战。